Le 9 février 1961, Pierre Martin-Civat succède comme directeur à Jean Sorillet. Il est l'évident maître-Jacques de tout ce qui se fait à Cognac en matière culturelle, études érudites comme soirées récréatives. Malheureusement, ses deux années de direction sont marquées par une crise interne. Coup sur coup, deux conférences du cycle Tonnellier aboutissent à des échecs mettant à sec les finances de l'Académie, si bien qu'elle décide d'en abandonner le principe. D'autre part et sans doute corrélativement, la mairie de Saintes ne renouvelle pas sa subvention. Qui plus est, des difficultés naissent à propos de l'élection de deux nouveaux membres, alors que jusque-là aucun problème ne s'était présenté, ni pour le choix de Louis Desgraves ni pour celui d'Henri Marchat. Le 17 septembre 1961, après une longue bataille de procédure menée par les anciens du Pays d'Ouest, car la majorité des candidats se trouvent être d'origine saintaise, on parvient à un compromis autour des noms de Marie de Butlar qui succède à Hélie de Bremond d'Ars-Migré au premier siège et de Louis Suire qui remplace Pierre Audiat au treizième. Une Saintaise, un Rochelais, l'équilibre se voit respecté ; accueillir en son sein une poétesse et le grand peintre du littoral charentais renforce l'universalité et la notoriété de l'Académie. Le fait sera sensible plus tard...

Le projet de Pierre Martin-Civat est de recréer une société savante, axée autour de la Saintonge et complémentaire à l'Institut d'histoire et d'archéologie de Cognac et du Cognaçais qu'il vient de fonder en 1956. Il prévoit un élargissement de l'audience grâce à des membres correspondants, un cycle de conférences et un bulletin de liaison ronéoté. Interprétant de façon aussi décalée les premiers pas de l'Académie, il n'entraîne nullement l'adhésion. On comprend la déception de celui qui signait volontiers ses poèmes du pseudonyme de Jean Saintonge... Cette année 1961 se signale d'ailleurs par l'absence de séance publique annuelle et, si on en organise une de rattrapage le 18 février 1962 pour la réception de Marie de Butlar et de Louis Suire, l'esprit n'y est pas et le manque de trésorerie empêche la distribution de prix. De même, l'idée de remettre le prix de Saintonge 1962 à Madeleine Bernardin pour Saintonge que j'aime, lors de l'entracte de L'Ouillette, la pièce que joue Odette Comandon au théâtre de Saintes devant une ouillette, c'est-à-dire un micro, ne convainc ni le public, ni surtout les académiciens.